Le workshop à l'EMINES : un UV-1800, un Nikon partagé, et 12 étudiants qui attendent

On m'a invitée le mois dernier à donner un workshop d'une journée à l'EMINES, l'école d'ingénieurs en énergies renouvelables et ingénierie minérale, au sud de Marrakech sur le campus de Benguérir. La prof qui m'avait contactée, A., m'avait prévenue par mail : « Saliha, on a 12 M1, un seul spectro, et un Nikon partagé pour les plaques. Tu fais comme tu peux. »

J'ai accepté. Sans bien mesurer ce que voulait dire « un seul spectro ».

L'arrivée au labo

Je suis arrivée la veille au soir, en train depuis Rabat puis taxi depuis Marrakech. Le campus est neuf, propre, ambitieux. Le labo de TP de biotechnologie où on allait travailler est plus contrasté : paillasse correcte, hottes en état, mais l'instrumentation date. Le spectrophotomètre est un UV-1800 Shimadzu monofaisceau, acquis fin des années 90 d'après l'étiquette d'inventaire. Il marche. Mais il prend 2,5 secondes par lecture et il n'y a pas de lecteur de microplaques. Donc cuve par cuve, manuellement.

Pour documenter les microplaques 96 puits du test résazurine, ils utilisent un Nikon D5000, monté sur un statif maison bricolé avec un trépied vissé sur une planche. Un seul Nikon. Pour douze étudiants répartis en six binômes. Et le câble USB du Nikon va directement sur le PC partagé du fond, lui aussi unique. La prof A. était lucide : « Saliha, le goulot, c'est pas le test. C'est la saisie. »

Le plan du workshop

Test de viabilité résazurine sur Candida albicans ATCC 10231. Chaque binôme teste un extrait méthanolique de plante aromatique marocaine à six concentrations en triplicate, plus contrôles positif (fluconazole 16 µg/mL) et négatif (DMSO 1%). Plaques Greiner 96 puits noires à fond transparent (la prof A. les avait obtenues sur un reliquat d'achat de l'année passée).

Les extraits avaient été préparés la semaine d'avant par les étudiants eux-mêmes : Salvia officinalis, Origanum compactum, Mentha pulegium, Rosmarinus officinalis, Thymus vulgaris, Lavandula angustifolia. Du classique marocain, mais avec une vraie diversité d'origine (Atlas, Rif, plaine atlantique). On parle d'extraits déjà testés mille fois dans la littérature, sauf que pour ces étudiants c'était leur première manip d'inhibition de croissance fongique réelle, sur leur souche, dans leur labo.

Le matin : le mur

On a démarré à 8h30. Inoculation 30 min, ajout résazurine 0,01% 4h d'incubation à 30°C dans l'étuve. Pendant ces quatre heures, j'ai fait un point théorique sur les mécanismes de réduction de la résazurine en résorufine par les cellules viables et sur les bonnes pratiques d'interprétation des virages de couleur (bleu → rose), avec les pièges classiques de faux positifs.

À 13h, sortie d'étuve. Les plaques étaient belles, dégradés bleu-rose bien lisibles, on voyait déjà à l'œil que trois extraits sortaient du lot. Et là le mur. Le rituel a démarré : binôme 1 emporte sa plaque, la pose sous le Nikon, prend la photo, débranche son binôme 2 du PC, branche le câble USB, importe la photo, ouvre dans le visualiseur Windows, lit les puits, dicte les valeurs à son collègue qui les tape dans un fichier Excel. Temps moyen par binôme : 22 minutes. Six binômes. Calcul rapide : 2h12. Sauf qu'à 11h ils n'avaient pas encore commencé la saisie. À 11h, seuls trois binômes étaient passés. La fin de séance était à 16h.

A. m'a regardée. Je connais ce regard. C'est le regard d'une enseignante qui sait que sa séance va s'arrêter à mi-chemin et qu'elle va devoir reprogrammer une demi-journée qu'elle n'a pas dans son planning.

Mon téléphone, PhytoNote, et la saisie en direct

J'avais sur moi mon Pixel 7a. Et PhytoNote dessus, déjà déployé en TP M2 à Rabat le mois précédent (j'en avais raconté l'expérience dans le récit des quinze plaques). J'ai branché mon téléphone en mode caméra additionnelle au-dessus de la plaque, et les binômes saisissaient leurs lectures directement dans PhytoNote pendant qu'ils observaient les puits. Au lieu de transcrire la photo plus tard depuis le PC, c'est instantané : un binôme lit la couleur du puits A1, son collègue tape la valeur ordinale (bleu plein, mauve, rose plein, intermédiaire) dans la grille 96-cases de l'app, et on passe à A2.

Premier essai avec le binôme 4 (extrait de menthe pouliot). Lecture des 96 puits à deux : un lit, l'autre saisit. Le binôme a fait une passe de vérification croisée, corrigé deux puits limites, validé. Export CSV en local, transfert Bluetooth vers le PC partagé. Temps total binôme 4 : 6 minutes.

Binôme 5 : 4 minutes (ils avaient compris). Binôme 6 : 4 minutes. Pendant ce temps les binômes 1, 2, 3 finissaient leur saisie au Nikon. À 13h30 tout le monde avait ses résultats numériques exploitables. La prof A. n'a rien dit. Mais elle a pris en photo mon écran de téléphone trois fois pendant la séance, à des moments où elle pensait que je ne la voyais pas.

Les résultats biologiques

Sur les six extraits, trois ont montré une inhibition significative de la viabilité de C. albicans à 250 µg/mL : Salvia officinalis (réduction de 78% de la fluorescence résorufine), Origanum compactum (89%, le plus actif), et Mentha pulegium (71%). Les trois autres restaient sous le seuil des 30%, donc non retenus pour la suite. Ces résultats sont cohérents avec ce qu'on trouve dans la littérature sur les huiles essentielles de la famille des Lamiacées, et l'origan compact marocain en particulier est connu pour son carvacrol et son thymol à des concentrations qui en font un candidat sérieux dans les études antifongiques.

Mais le point pédagogique, ce n'est pas la science. C'est qu'on a fini la séance avec six binômes qui avaient leur jeu de données complet, leur analyse, leurs courbes de réponse-dose esquissées à la main au tableau, et trente minutes de discussion sur les biais possibles. À la place d'une séance qui s'arrête à 16h avec quatre binômes en plan.

Le café après

On a pris un café à la cafétéria du campus. A. m'a demandé si l'app était disponible publiquement et si elle pouvait demander à son département de l'intégrer dans le cursus L3 biotechnologie l'année prochaine. Je lui ai dit oui, que la version stable serait là pour la rentrée, et que je viendrais former ses collègues sur une demi-journée si elle voulait.

Elle m'a répondu une phrase qui m'a marquée : « Tu sais Saliha, on a l'EMINES qui ouvre des labos neufs en énergies renouvelables, mais notre instrumentation biotech, on l'a héritée d'un transfert de matériel d'une université française dans les années 2000. On fait avec. Quand un outil de saisie bouge la ligne du temps, c'est pas du gadget. »

Je suis rentrée à Rabat le soir même. Dans le train, j'ai écrit dans PhytoNote une note rapide : « Workshop EMINES, 12 étudiants, 6 binômes, mode photo validé en conditions réelles, intégration cursus L3 en discussion. » C'est la note la plus courte et la plus satisfaisante que j'ai écrite cette année.

Le mode saisie accélérée et l'architecture des grilles 96-puits sont décrits dans la note technique sur PhytoNote, et la page produit récapitule les essais supportés. Si vous enseignez en M1 ou L3 et que votre labo souffre d'un goulot similaire à celui de l'EMINES, le code est sur GitHub et les issues sont ouvertes.