Le reviewer, le post-it et la naissance de PhytoNote

PhytoNote existait déjà depuis novembre 2023 — la nuit fondatrice est racontée dans La doctorante de minuit. Mais la review du Journal of Ethnopharmacology que je vais raconter ici a déclenché un pivot complet vers la traçabilité des réactifs, et la couche provenance qui structure aujourd'hui l'app.

En avril 2025, j'ai soumis un manuscrit au Journal of Ethnopharmacology. Une étude sur l'activité antioxydante d'extraits hydro-alcooliques de Pistacia lentiscus, du lentisque récolté à quatre altitudes du Rif marocain, entre 320 et 1480 mètres. Mesures DPPH et ABTS, six mois de paillasse, vingt-quatre points expérimentaux. J'étais fière du jeu de données. La revue a un facteur d'impact de 5,4, ce qui pour une chercheuse en phytochimie au Maroc reste une cible sérieuse.

Six semaines plus tard, le verdict est tombé dans ma boîte mail : Major Revision. Sept demandes du Reviewer 2. Anonyme, mais probablement européen — la formulation était trop précise sur les bonnes pratiques de laboratoire pour venir d'ailleurs. La question qui m'a coupé le souffle se trouvait en point 4 : "Provide the lot numbers, opening dates and storage temperature of all reference standards used (trolox, ascorbic acid) for each batch of measurements."

Le retour aux carnets

J'ai sorti mes trois cahiers de paillasse de l'étagère. Reliure spirale, papier quadrillé, l'odeur du méthanol qui s'incruste dans le papier après des mois. J'ai pointé chaque mesure : dilution, blanc, lecture à 517 nm pour le DPPH, à 734 nm pour l'ABTS. Spectrophotomètre UV-1900 Shimadzu, microplaque Greiner 96 puits transparente. Pour vingt et une mesures sur vingt-quatre, tout y était. Numéro de lot du Trolox, date d'ouverture du flacon, température de stockage (-20 °C pour les solutions mères, +4 °C pour les dilutions de travail).

Pour les trois autres, le trou. Une fois j'avais noté « nouveau flacon » sans préciser la date. Une fois j'avais écrit le numéro de lot sur un post-it photographié au labo le soir, et le post-it avait disparu entre temps. Une fois j'avais simplement oublié. Trois mesures sur vingt-quatre. Statistiquement peu, mais suffisant pour que le reviewer demande de refaire la série ou de la retirer.

J'ai passé un soir à fouiller mes photos de téléphone. Le post-it était bien là, en arrière-plan d'une photo prise à 19h12 un mardi d'octobre. Lot et date partiellement lisibles. J'ai zoomé, ajusté la luminosité dans Snapseed, recoupé. Trois caractères restaient ambigus. C'était la première fois que je dépendais d'une photo de post-it pour défendre un papier.

Six semaines de stress

J'ai discuté avec mon directeur de thèse. Sa réponse a été simple : refaire les trois mesures. Pas négociable. Sauf que refaire impliquait de récupérer les mêmes lots d'échantillons végétaux, ou d'expliquer dans la lettre de réponse pourquoi on travaillait sur un nouveau lot. Le lentisque récolté à 1480 m, c'était la fin de septembre. Le refaire en juin n'avait pas le même sens phytochimique. La composition saisonnière des polyphénols n'est pas anecdotique chez les Anacardiaceae.

Ce que j'ai fini par faire : refaire les trois mesures avec un nouveau Trolox (lot documenté, ouvert devant photo), recalibrer toute la série, et écrire dans le supplementary que les premières mesures avaient été refaites « pour conformité aux exigences de traçabilité du reviewer ». J'ai inclus le tableau complet des lots de standards. Quatorze pages de supplementary. J'ai envoyé la révision le 11 août 2025.

Pendant ces six semaines, j'ai mal dormi. Ce n'est pas seulement le risque du rejet. C'est de réaliser qu'un travail sérieux peut être fragilisé par trois lignes manquantes dans un cahier. Mon hygiène de paillasse était dans la moyenne du laboratoire, peut-être au-dessus. Et pourtant.

Le pivot provenance

La conviction qui s'est imposée pendant ces semaines de stress n'était pas « il faut que je sois plus rigoureuse ». J'étais déjà rigoureuse à ma mesure. C'était plus structurel : tant que la traçabilité dépend de la mémoire et du stylo, elle finira par faillir. Pas tous les jours, pas pour tout le monde, mais un jour, pour quelque chose qui compte. Et ce jour-là, c'est six semaines de votre vie qui partent en fumée.

C'est là que j'ai redessiné toute la couche provenance de PhytoNote. L'app gérait déjà la saisie en paillasse depuis 2023, mais les standards et leur historique n'étaient qu'un champ texte libre. À partir de cette review, le geste central est devenu : ouvrir un flacon de standard. Pas remplir un formulaire à la fin de la semaine. Au moment où on casse le sceau, on scanne le code-barres du flacon (la plupart des fournisseurs en mettent un, ou bien on prend le QR du certificat d'analyse), ou on photographie le COA et un OCR extrait lot et date. À partir de ce moment, ce flacon a une identité. Chaque mesure que je fais ensuite hérite automatiquement de cette provenance. Quand j'exporte un tableau pour un manuscrit, les métadonnées sont déjà là.

L'idée était simple. Sa mise en œuvre l'a moins été. J'ai retravaillé PhytoNote pendant l'automne, en parallèle de mes mesures de thèse, parfois jusqu'à 23h dans mon petit bureau de Rabat. La version actuelle de l'application couvre tout le cycle : flacons, mesures, batches, export CSV avec colonnes de provenance par défaut. La même faille m'a rattrapée plus tard sur un flacon de quercétine oublié — c'est l'histoire du récit 7.

Janvier 2026, l'acceptation

Le papier est ressorti en review en septembre 2025, round 2. Cette fois, Minor Revision. Trois remarques de forme, une demande de clarification sur la statistique multivariée. Et un commentaire du Reviewer 2 que j'ai relu trois fois pour être sûre : "the provenance documentation is exemplary".

Acceptation finale le 14 janvier 2026. Publication en ligne dix jours plus tard. Le DOI est arrivé dans ma boîte mail un samedi matin, j'étais en train de préparer le thé. J'ai souri toute seule devant l'écran. Ce n'était pas la première publication de ma carrière, mais c'était la première où je savais que la traçabilité n'avait pas été un coup de chance.

Le Reviewer 2, où qu'il ou elle soit, ne saura probablement jamais qu'une remarque de trois lignes a fait basculer l'architecture de mon outil de paillasse. C'est peut-être mieux ainsi.

Ce que je retiens pour ma pratique

Depuis cette histoire, je ne fais plus confiance à mes propres souvenirs sur la provenance des réactifs. Pas par défiance — par expérience. Quand je rouvre un flacon de DPPH•, je scanne. Quand je prépare une dilution de Trolox dans du MeOH HPLC-grade, je scanne aussi le flacon de solvant. Cela prend trois secondes. Le bénéfice n'apparaît pas immédiatement. Il apparaît dix-huit mois plus tard, quand un reviewer européen demande des comptes.

Si vous voulez voir comment l'application gère ce flux, la page PhytoNote détaille le scénario standard. J'ai aussi écrit un papier méthodologique court qui explique le modèle de données et le rationnel scientifique : il est disponible ici, en open access.