Quinze plaques 96 puits, trente étudiants, un seul Shimadzu : comment j'ai sauvé un TP de M2

C'était un jeudi d'avril, 13h45. La salle de paillasse niveau 2 du département de chimie organique de l'Université Mohammed V sentait encore le café de la pause déjeuner et le méthanol HPLC-grade qu'un binôme avait renversé en arrivant. J'avais quinze plaques Greiner 96 puits à faire tourner avec mes étudiants de M2 Phytochimie, sur un essai DPPH classique appliqué à des extraits hydroalcooliques de Thymus satureioides qu'ils avaient préparés la veille. Trente étudiants en binômes, un seul spectrophotomètre UV-1900 Shimadzu partagé, et la consigne du jour : sortir l'IC50 de chaque extrait avant 17h.

Le moment où ça part en vrille

Au bout d'une heure, j'avais déjà repéré trois problèmes. Le binôme 4 m'a tendu son carnet en me disant « Madame, j'ai un doute sur la dilution mère ». Ils avaient préparé une solution à 1 mg/mL au lieu de 100 µg/mL, et reporté la concentration finale sans corriger leur facteur de dilution. Six puits foutus. Le binôme 7, lui, avait oublié de noter la masse pesée de leur standard quercétine. La pesée existait quelque part dans leur mémoire courte, mais pas sur le papier. Et la responsable de la salle, Mme Lahcen, est arrivée avec son cahier de gestion à la main : il manquait le numéro de lot du DPPH• Sigma sur tous les rapports rendus la semaine précédente, et l'audit qualité du département tombait dans dix jours.

J'ai regardé l'horloge. 14h50. Quinze microplaques à lire, des étudiants qui commençaient à fatiguer, et un système de traçabilité papier qui partait en lambeaux à mesure que la journée avançait. J'avais déjà vécu ce scénario en thèse, sauf que là je n'étais pas seule à payer l'addition. Trente personnes attendaient un protocole qui tienne debout.

Sortir le téléphone

Le labo a huit téléphones Android partagés, achetés sur le budget formation de l'année dernière, qui dorment la plupart du temps dans un tiroir verrouillé. J'ai installé PhytoNote sur les huit, en mode multi-utilisateur. J'ai créé un profil par binôme, chargé le protocole DPPH-Thymus que j'avais préparé en YAML quelques semaines plus tôt pour mes propres essais, et j'ai demandé aux étudiants de poser leur carnet papier sur la paillasse. Ils continueraient à écrire dessus, mais la double saisie passerait par l'app.

Premier choc : le moteur de validation s'est mis à crier presque immédiatement. Le binôme 4 a entré sa dilution mère et l'app a refusé. Concentration hors gamme étalon. Une alerte rouge plein écran avec le message « vérifier facteur de dilution ». Ils ont relu leurs calculs, vu l'inversion entre mère et fille, et corrigé sur place. Trois minutes au lieu d'une demi-heure de relecture en fin de TP.

Deuxième chose qui m'a frappée : la saisie obligatoire du numéro de lot du DPPH• Sigma au moment de scanner le code-barres du flacon. Mme Lahcen est passée derrière moi à 15h20, a regardé un écran, et m'a dit « ça remonte tout seul dans le rapport, ça ? ». J'ai confirmé. Elle est restée debout cinq minutes à regarder par-dessus l'épaule du binôme 12 qui pesait son standard.

Quinze microplaques, 96 puits, 16h28

À partir de 15h30, les choses se sont enchaînées vite. Chaque binôme passait son tour au Shimadzu, lisait ses absorbances à 517 nm, et entrait les valeurs dans PhytoNote en sortant. Le calcul d'IC50 se faisait en local sur le téléphone — régression non-linéaire à quatre paramètres, intervalles de confiance à 95%, le tout en moins d'une seconde. Le binôme 9 a eu une courbe avec un R² de 0,87 et l'app a flaggé le résultat en orange : « ajustement faible, considérer répétition ». Ils ont refait deux puits, recalculé, R² remonté à 0,98. Validé.

À 16h28, les quinze plaques étaient saisies. J'ai lancé l'export Excel multi-feuilles depuis mon propre téléphone, avec onglet par binôme, onglet récapitulatif IC50, onglet métadonnées (lots, masses, températures de la salle, opérateur, horodatage). 2,3 Mo. Envoyé par mail à Mme Lahcen, à mes deux co-encadrants, et stocké sur le NAS du département.

Le binôme 2 a sorti l'IC50 le plus bas, 38 µM en équivalent quercétine. Le binôme 11, le plus haut, 142 µM — probablement une dégradation de l'extrait laissé à température ambiante pendant la pause de midi. On en a discuté tous ensemble pendant les vingt dernières minutes du TP, courbes affichées au vidéoprojecteur depuis l'app de mon téléphone. Aucun étudiant n'avait à recopier ses chiffres au tableau.

Ce que Mme Lahcen m'a demandé en partant

Pendant que les étudiants rangeaient leurs pipettes et que je nettoyais la paillasse, Mme Lahcen est revenue avec son cahier de gestion. Elle m'a posé une question simple : « est-ce qu'on peut généraliser ça aux TP de L3 ? ». La promotion de L3 fait passer 80 étudiants sur les mêmes manips, deux fois par semaine, et la responsabilité retombe sur trois techniciennes qui consacrent leurs vendredis après-midi à reconstituer les rapports à partir de photocopies illisibles de carnets papier.

Je lui ai dit oui, à une condition : qu'on prenne deux semaines pour traduire le protocole L3 en YAML, valider les gammes étalon, et former les techniciennes en amont. Elle a accepté. On commence la semaine du 6 mai.

En rentrant en voiture vers Rabat ce soir-là, j'ai repensé à mes propres TP de master, en 2014, où je passais mes vendredis soir à recopier des chiffres dans un cahier au format A4 quadrillé, en espérant ne pas me tromper de ligne. Le carnet papier reste précieux pour la signature, pour la trace légale, pour ce qu'il représente comme rite de passage du chercheur. Mais quinze plaques 96 puits en quatre heures, à trente étudiants, ce n'est plus quelque chose qu'on peut piloter à la main sans accepter un taux d'erreur de 10 ou 15%.

Le code-barres du flacon DPPH• Sigma, le YAML du protocole, l'export Excel timestampé : tout ça existe maintenant comme couche au-dessus du carnet, pas à sa place. Et c'est exactement ce que j'avais espéré quand j'ai commencé à écrire PhytoNote, il y a deux ans, après une journée de TP qui ressemblait étrangement à celle-ci.

Si vous voulez voir comment l'app fonctionne en mode multi-utilisateur pour des TP encadrés, j'en parle plus en détail sur la page produit de PhytoNote. Pour la méthode complète et le protocole de validation, le papier est ici. Le même goulot de saisie m'a rattrapée quelques semaines plus tard à l'EMINES, avec un seul Nikon partagé pour douze étudiants — j'en ai fait le récit du workshop.