Hajar, Tétouan, et sa première publication sur le ciste

Le message est arrivé un dimanche soir, sur LinkedIn. Hajar, étudiante en M2 à l'Université Abdelmalek Essaâdi de Tétouan, venait de boucler son stage de fin d'études. Six mois sur l'huile essentielle de Cistus ladanifer récolté dans le Rif. Profilage GC-MS, activité antibactérienne contre quatre souches. Sa directrice de mémoire l'encourageait à publier en open access dans le Moroccan Journal of Chemistry. Elle écrivait avec la politesse appliquée des étudiantes qui doutent : « Madame, j'aimerais bien utiliser votre app mais j'ai déjà fini mon stage. Est-ce que je peux re-saisir mes 30 mesures dedans pour avoir un export propre pour le paper ? »

Elle avait découvert PhytoNote via mon article de vulgarisation publié en février sur ce site. Je n'ai pas répondu tout de suite. Je voulais lire son message une seconde fois, parce qu'il contenait plus que sa demande explicite.

Ce que les chiffres cachaient

Trente mesures, c'est peu et beaucoup à la fois. Dix-huit analyses GC-MS pour le profilage chimique, douze déterminations de CMI (concentration minimale inhibitrice) contre S. aureus, E. coli, P. aeruginosa et B. subtilis. Pour une étudiante de M2 au Maroc, dont le stage n'a pas duré plus de six mois et qui n'avait peut-être accès au GC-MS que par créneaux partagés, c'est un travail respectable.

Le vrai problème était caché derrière les chiffres. Ses données brutes étaient éparpillées entre un cahier de TP, deux fichiers Excel non versionnés, et une clé USB qu'elle avait perdue puis retrouvée deux fois pendant son stage. Le profilage GC-MS dormait quelque part sur la machine du labo, les CMI étaient saisis à la main dans un classeur où la colonne « standard utilisé » avait été remplie deux jours après les manips, de mémoire. Rien de scandaleux. C'est l'ordinaire de beaucoup d'étudiants en stage, et c'est aussi pour ça qu'ils ont peur de publier.

Ma réponse

Je lui ai répondu le lendemain matin, en quelques lignes. « Oui, tu peux ressaisir tes données dans PhytoNote. Mais surtout pour ta provenance : fais-le maintenant, avant que les flacons soient jetés et que la doctorante du labo finisse sa thèse et change de ville. »

C'est la phrase qui l'a décidée. Pas l'idée d'un export propre, mais la perspective concrète que les preuves matérielles allaient disparaître. Les flacons de standards qu'on jette à la fin d'un projet, c'est invisible quand on est dedans, c'est définitif quand on en est sorti. Le scénario du flacon disparu, je l'ai moi-même vécu sur une review du Journal of Ethnopharmacology en 2025 — j'en ai fait le récit du reviewer et du post-it.

Quatre heures de ressaisie

Hajar y a passé une après-midi entière, un samedi. Elle m'a envoyé des screenshots pendant qu'elle avançait. D'abord les flacons : huile essentielle de ciste ladanifère, lots, dates d'extraction, méthode (hydrodistillation Clevenger, 3 heures). Puis les standards : témoins positifs gentamicine pour les Gram négatives, vancomycine pour S. aureus, DMSO comme témoin négatif. Puis les mesures GC-MS, une par une, en se relisant le cahier. Puis les CMI, plaque par plaque, avec les concentrations en µL/mL et les zones d'inhibition.

À la mesure numéro 24, elle s'est arrêtée. Le standard antibiotique utilisé pour deux des plaques CMI n'apparaissait nulle part dans ses notes. Pas le nom, pas le lot. Elle se souvenait qu'il y avait eu un changement de flacon en cours de stage parce que l'ancien était périmé. Mais lequel ? Quand ?

Elle m'a écrit, paniquée à sa façon, c'est-à-dire poliment, en s'excusant de me déranger. Je lui ai dit : « Appelle ta directrice. Et regarde si la doctorante du labo, celle qui partageait la paillasse, n'a pas noté quelque chose dans son propre cahier. »

La directrice a retrouvé le numéro dans le cahier de laboratoire de la doctorante, qui consignait tous les arrivages d'antibiotiques pour le laboratoire commun. Hajar a complété ses deux entrées. Le reste de la ressaisie a pris encore deux heures. Quatre heures au total, pour transformer un chaos honnête en un jeu de données exportable.

La peur de publier

Hajar avait peur. Pas peur du refus, peur du jugement. Première publication, première fois qu'on soumet son nom à des reviewers anonymes qui peuvent éreinter le travail en quelques lignes. Au Maroc comme ailleurs, les étudiants en master vivent la publication comme un saut dans le vide, surtout quand l'encadrement universitaire ne les a pas habitués à lire des reviewer reports.

Ce que je lui ai dit, en plusieurs échanges, tenait en quelques idées simples. Sa donnée valait la peine d'être publiée parce qu'elle était spécifique : Cistus ladanifer du Rif n'est pas la même huile essentielle que celle du sud de l'Espagne ou du Portugal, et le profil chimique avec les CMI ajoutait quelque chose à la littérature. Le Moroccan Journal of Chemistry n'était pas un journal prédateur, c'était une revue maghrébine sérieuse, indexée, qui acceptait des travaux de masters bien faits. Sa directrice de mémoire l'accompagnait, ce n'était pas elle seule contre le monde.

Et surtout, je lui ai dit que ressaisir ses données dans PhytoNote ne servait pas seulement à produire un joli tableau pour le manuscrit. Ça servait à reconstituer la traçabilité avant qu'elle soit irrécupérable. Cette différence, elle l'a comprise après le coup de fil à sa directrice.

Mars, soumission. Mai, acceptation.

Le manuscrit a été soumis le 14 mars 2026. Acceptation avec mineures le 9 mai. Trois remarques de reviewers : une demande de clarification sur la méthode CMI (la dilution en série n'était pas explicitement détaillée), une demande d'ajout de référence sur le profil chimique du ciste portugais à fin de comparaison, et une remarque mineure sur le formatage des références. Pas un mot sur la traçabilité des standards.

Hajar m'a envoyé un message le jour de l'acceptation. Trois lignes, dont une avec un emoji discret. Elle m'a remerciée. Je lui ai répondu que je n'avais pas fait grand-chose, c'est elle qui avait passé six mois en stage et quatre heures à ressaisir. C'était vrai. Mais je sais aussi que ce simple message « est-ce que je peux re-saisir mes 30 mesures » lui avait coûté une dose de courage que les chercheurs établis sous-estiment.

PhytoNote n'est pas seulement pour les gros labos

J'écris cet épisode parce qu'il dit quelque chose que je n'avais pas formulé en démarrant le projet. PhytoNote est sorti de ma douleur de doctorante face à un reviewer européen, c'est vrai. Mais l'application sert tout autant, peut-être davantage, à une étudiante de M2 à Tétouan qui veut publier sa première étude proprement, sans budget, sans LIMS institutionnel, sans abonnement à un cahier de laboratoire électronique payant.

L'application est gratuite, fonctionne hors-ligne, exporte en CSV ouvert. Si vous êtes en stage et que vous lisez ceci avant que vos flacons soient jetés, commencez maintenant. Si vous êtes déjà sorti du stage mais que les flacons sont encore au labo, demandez à votre encadrant.e une demi-journée de retour pour ressaisir. Quatre heures, c'est le prix d'une publication acceptée avec mineures plutôt qu'avec des comptes à rendre. J'ai détaillé le rationnel de cette discipline dans le papier méthodologique, mais l'essentiel tient dans l'histoire de Hajar.