PhytoNote : application offline-first pour la spectrophotométrie UV validée en phytochimie

Sur un spectrophotomètre UV mono-mesure, en conditions de labo sans réseau, avec des gants nitrile, le cycle classique ressemble à ça. On lit l'absorbance. On note sur papier. On transcrit dans Excel des semaines plus tard, et on s'aperçoit qu'un point sort à 4,2 DO (saturé, donc faux) alors que la manip a été faite trois semaines avant et que les tubes sont depuis longtemps à la poubelle. Cette boucle silencieuse coûte du temps, de l'extrait, et parfois des publications. PhytoNote remplace cette chaîne par une saisie immédiate avec validation visuelle en 200 ms. Si le tube sort de la plage acceptable, l'application le signale en rouge tant que la cuvette est encore préparée. On refait, on garde, on avance. Le besoin n'est pas exotique. Les essais UV de routine en phytochimie (DPPH, ABTS, FRAP, Folin-Ciocalteu, chlorure d'aluminium, microdilution antibactérienne) sont parmi les manipulations les plus courantes dans tout laboratoire travaillant sur les extraits végétaux. La friction est ailleurs : transcrire correctement les valeurs, détecter assez tôt qu'une calibration sort des clous, et garder une trace exploitable plusieurs mois après. PhytoNote vise spécifiquement ces trois points.

PhytoNote est une application Flutter 3.5 / Dart 3.5, conçue pour fonctionner 100 % hors-ligne. Le stockage est entièrement local via SQLite (package sqflite). Aucun appel réseau ne quitte l'appareil pour les opérations cœur : saisie, validation, calcul d'IC50, export Excel. Plateformes cibles : Android (APK split arm64-v8a, armeabi-v7a, x86_64) et Linux desktop (paquet .deb Ubuntu 22.04+ / Debian 11+). Empreinte d'environ 8 MB par binaire. Les builds Windows et macOS sont prévus dans l'infrastructure mais ne sont pas encore distribués. Le modèle de données est volontairement minimal :

Catalogue (plantes, extraits, standards, bactéries, enzymes)
   ↓
Calibration (courbe étalon pour un couple test/standard/lot)
   ↓
Session (mesures, validation live, calculs)
   ↓
Measurement (1 DO + statut 🟢🟡🔴)

Les enregistrements supprimés sont archivés via un flag is_archived plutôt que purgés, ce qui préserve la traçabilité de l'historique pour audit.

Les huit essais intégrés

Sigle	Mesure	Standard	λ (nm)	Sortie
DPPH	Activité antioxydante (réduction du radical)	Acide ascorbique / Trolox	517	IC50 (µg/mL)
ABTS	Activité antioxydante (cation radical)	Trolox / Acide ascorbique	734	IC50 (µg/mL)
FRAP	Pouvoir réducteur Fe³⁺ → Fe²⁺	Acide ascorbique	700	mg AAeq/mL
CAT (TAC)	Capacité antioxydante totale (molybdène)	BHT / AA / Trolox	695	mg STDeq/mL
TPC	Polyphénols totaux (Folin-Ciocalteu)	Acide gallique	765	mg GAE/mL
TFC	Flavonoïdes totaux (AlCl₃)	Quercétine	415	mg QUEeq/mL
ANTIBAC	CMI / CMB en microdilution (CLSI M07-A11)	Ciprofloxacine / Gentamicine	600 nm ou résazurine visuelle	µL/mL
ANTIINF	Dénaturation BSA	Diclofénac / ASA / Indométhacine	660	IC50 (µg/mL)

ANTIBAC tourne en plaque 96 puits avec disposition fixe : 8 dilutions extrait sur 8 réplicats, plus des contrôles T+ (croissance) et T− (stérilité) qui doivent valider visuellement avant que la manip soit acceptée. Les sept autres essais tournent en cuvettes 1 mL, sur un spectrophotomètre UV mono-mesure. Pour les essais à inhibition (DPPH, ABTS, ANTIINF), un contrôle est saisi en début de session ; sa DO attendue est paramétrée par défaut mais modifiable selon le lot de réactif.

Validation en direct

Chaque DO saisie est évaluée immédiatement contre la plage physique acceptable (0 à 4 DO), les seuils de saturation (au-delà de 3,5), et l'écart au contrôle attendu pour les essais à inhibition :

• 🟢 Vert : DO comprise entre 0,1 et 3,5, sans avertissement contextuel.
• 🟡 Jaune : DO égale à 0 (lecture suspecte), proche de la saturation, ou écart au contrôle entre 0,05 et 0,15.
• 🔴 Rouge : DO physiquement impossible (inférieure à 0 ou supérieure à 4), ou écart au contrôle au-delà de 0,15.

Pas de bouton « OK » à presser. La valeur est commit dès la saisie ; la couleur change en moins de 200 ms. C'est ce délai qui rend la correction possible : le tube est encore en main, le pipetage peut être refait avant que la cuvette ne soit rincée.

Régression et IC50

Régression linéaire par moindres carrés ordinaires. Critère de linéarité affiché en direct : R² supérieur ou égal à 0,97. Pour les essais à inhibition (DPPH, ABTS, ANTIINF) :

IC50 = (50 − intercept) / slope

Pour les essais à absorbance directe (FRAP, CAT, TPC, TFC) :

équivalent = (DO − intercept) / slope

Pas de modèle non-linéaire (4-PL, log-logistique) à ce jour. C'est un choix assumé : la régression linéaire reste interprétable visuellement et suffit pour la plage de concentrations utilisée par défaut. Les essais à inhibition génèrent leur plan d'acquisition automatiquement : 8 dilutions divisées par 2 à partir de 1000 µg/mL pour DPPH et ABTS, à partir de 200 µg/mL pour ANTIINF. Les essais à absorbance directe ont leurs concentrations calées différemment selon la nature de l'extrait : 8 dilutions /2 depuis 1 mg/mL pour les extraits réguliers, depuis 100 mg/mL pour les huiles essentielles dans FRAP. TAC, TPC et TFC sont des essais mono-point à concentration fixe.

Bandeau de résultats en direct

Sous la barre d'application, un bandeau actualise les statistiques clés à chaque saisie : IC50 ou équivalent en mg standard/mL, coefficient de détermination R², avertissements éventuels (calibration manquante, contrôle hors plage, points exclus). L'utilisateur n'a pas besoin d'attendre la fin de la session pour voir si sa courbe est exploitable.

Catalogue éditable et reproductibilité

Cinq entités sont gérées dans le catalogue local : plantes, extraits, standards, bactéries, enzymes. Au démarrage, le catalogue est vide. L'utilisateur importe des Starter Packs JSON (solvants courants, standards antioxydants, panel antibactérien CLSI) ou crée ses entrées manuellement, avec un code anonyme optionnel et des métadonnées arbitraires. Chaque session enregistre un snapshot immuable du code de la plante et du nom de l'extrait au moment du démarrage. Si on édite plus tard le catalogue (renommer un extrait, archiver une plante, corriger une faute), les sessions historiques gardent leurs labels d'origine. C'est ce qui rend l'historique citable et résistant aux refactors du catalogue.

Export Excel

L'export produit un classeur multi-feuilles (.xlsx) avec une feuille de couverture (métadonnées de session), une feuille Calibration (pente, ordonnée, R², date d'ouverture du lot), une feuille Mesures brutes (DO par concentration et réplicat avec statut de validation), une feuille Calculs (moyennes, % inhibition, points retenus pour le fit), et une feuille Régression échantillon (équation, IC50 ou équivalents, avertissements). Le format est volontairement bavard. Si une décision réglementaire, un reviewer ou un audit revient sur les données plusieurs années après, tout est traçable sans avoir à rouvrir l'app.

Reprise de session

Les sessions interrompues conservent leur statut active et peuvent être reprises à tout moment via l'écran historique. L'auto-commit garantit qu'aucune saisie n'est perdue, même si l'application est fermée brutalement.

Distribution

Tous les binaires sont publiés sur GitHub Releases : github.com/Saliha-BOUAOUDA/PhytoNote.

Plateforme	Fichier	Taille	Cible
Android arm64-v8a	app-arm64-v8a-release.apk	8.0 MB	Snapdragon 8xx, Exynos 9xx+, Dimensity
Android armeabi-v7a	app-armeabi-v7a-release.apk	7.6 MB	Android 7+, Snapdragon 400-600
Android x86_64	app-x86_64-release.apk	8.1 MB	Émulateurs / tablettes Intel
Linux	phytonote_1.0.1_amd64.deb	8.3 MB	Ubuntu 22.04+ / Debian 11+

Dépendances Linux : libgtk-3-0, libglib2.0-0, libstdc++6 — pré-installées sur Ubuntu LTS standard.

Limites et roadmap

PhytoNote ne pilote pas le spectrophotomètre. La saisie reste manuelle, même si l'évaluation est automatique. Une intégration directe USB ou Bluetooth pourrait être ajoutée mais n'est pas dans la version 1.0. La régression non-linéaire (modèles 4-PL, log-logistique pour des courbes dose-réponse sigmoidales) n'est pas implémentée. Pour la plage de concentrations couverte par défaut, la régression linéaire est suffisante ; pour étendre vers des modèles inhibiteurs forts ou des concentrations très hautes, ce sera à reconsidérer. Internationalisation : l'interface est en français à la v1.0.1, avec onglets « à venir » pour l'anglais et l'arabe dans les Paramètres.